La Asociación Peruana de Ateos tiene por finalidad:

a) agrupar a los peruanos y a los extranjeros residentes o no en el Perú que sean ateos, es decir, que no crean en la existencia de entidades sobrenaturales como dioses o espíritus incorpóreos, y que opinan que la razón, apoyada en la investigación científica y la libre búsqueda de la verdad, es el mejor medio para entender la realidad humana y el mundo;

b) defender los derechos civiles de los ateos en el Perú y la búsqueda de un Estado equitativo, justo e igualitario, que no los discrimine;

c) propiciar y fomentar puntos de vista racionalistas y científicos entre sus miembros y la comunidad en general;

d) promover valores éticos basados en la razón, tales como la valentía, solidaridad, la convivencia armónica y la justicia entre sus miembros y la comunidad en general;

e) fomentar y proteger la libertad de pensamiento y conciencia consagradas en la Constitución Política del Perú; y 

f) propender a mejorar la calidad de vida de la población a través de ejecución de programas orientados a promover el desarrollo integral de calidad utilizando diversas estrategias que respeten y reafirmen su identidad y derecho a la vida, a la educación, crecimiento y desarrollo del Perú.